Cofactor met rapidement sur le marché un test prédictif d'immunothérapie grâce aux données d'Intermountain Spinout

NEW YORK – Après avoir annoncé une collaboration avec Culmination Bio, spin-out d'Intermountain Health, Cofactor Genomics "agit de manière agressive" pour faire progresser son test OncoPrism pour prédire si les patients atteints d'une gamme de cancers sont susceptibles de bénéficier de l'immunothérapie.

Cofactor, basé à San Francisco, a validé OncoPrism, un test de sous-typage des cellules T et de quantification des cellules immunitaires basé sur le séquençage de l'ARN, dans le cadre de l'étude PREDAPT en utilisant des échantillons de tumeurs anonymisés et des données cliniques appariées. L'objectif, selon le PDG de Cofactor, Jarret Glasscock, est de commercialiser OncoPrism comme un outil permettant d'identifier les patients les plus susceptibles de répondre aux inhibiteurs de point de contrôle PD-1/L1 tels que Keytruda de Merck (pembrolizumab) ou Opdivo de Bristol Myers Squibb (nivolumab).

L'étude prospective observationnelle a pour objectif de recruter 1 650 patients dans 11 types de cancer. Mais le nouveau partenariat Culmination est également essentiel pour valider le test, a déclaré Glasscock, car il permet à Cofactor d'accéder à une base de données de 4,5 millions d'échantillons de patients, chacun correspondant à des données longitudinales sur les résultats cliniques, et au génome entier, au transcriptome, au séquençage de l'exome, à la protéomique, et d'autres analyses omiques.

Cette mine de données, que Culmination appelle sa plate-forme d'intelligence Culmination, est son offre à des partenaires comme Cofactor. Bien que la validation prospective d'OncoPrism à l'aide d'échantillons collectés dans PREDAPT soit essentielle pour démontrer ses performances prédictives sur plusieurs types de cancer, Glasscock a déclaré que les données de Culmination confèrent à Cofactor des avantages significatifs, non seulement en termes de nombre d'échantillons de patients dans le référentiel, mais également de temps.

"Nous devons connaître les résultats pour les patients de ces traitements d'immunothérapie [pour valider OncoPrism]. Avec les données prospectives qui sont collectées dans le cadre de PREDAPT, nous devons attendre des mois pour que les résultats aient les données complètes", a déclaré Glasscock. "Avec les essais prospectifs, nous attendons que les patients [répondent], et la valeur avec Culmination Bio est qu'ils ont ces échantillons de patients et les données de patients de haute qualité déjà collectées et stockées. Cela nous permet d'avancer beaucoup plus rapidement avec Nos efforts."

Le test OncoPrism de Cofactor est essentiellement une plate-forme de profilage immunitaire, comme Glasscock l'a décrit. "Nous examinons les signatures d'expression génique les plus informatives qui correspondent aux types de cellules immunitaires et aux états des cellules immunitaires qui sont les plus prédictifs des répondeurs potentiels et des non-répondeurs à l'immunothérapie", a-t-il déclaré, expliquant que la plate-forme OncoPrism produit essentiellement une mesure de ces multiples analytes. "Là où les données cliniques entrent en jeu, c'est dans la formation du modèle pour nous dire :" À quoi ressemble un profil pour les répondeurs dans le cancer du poumon ? À quoi ressemble un profil de non-répondeur ?"

Alors que la plate-forme OncoPrism est déjà construite, les millions de données cliniques liées dans la plate-forme Culmination Intelligence aideront Cofactor à former son test pour prédire la réponse immunothérapeutique à travers divers types de cancer, et à le faire beaucoup plus rapidement.

Jusqu'à présent, Cofactor a fait le plus de progrès en validant OncoPrism pour prédire quels patients atteints d'un cancer de la tête et du cou bénéficieront de l'immunothérapie, ce que Glasscock a qualifié d '«indication de tête de pont» de la société. En septembre 2022, la société a présenté des données démontrant qu'OncoPrism prédisait le bénéfice anti-PD-1 chez les patients atteints d'un cancer de la tête et du cou avec plus de précision que l'expression de PD-L1 basée sur l'immunohistochimie, que de nombreux oncologues considèrent comme un "biomarqueur moche" pour identifier les meilleurs répondeurs à l'immunothérapie. . Dans cette étude, OncoPrism a démontré une précision de 75 % dans la prédiction des répondeurs aux inhibiteurs de point de contrôle immunitaire, tandis que les tests d'immunohistochimie PD-L1 avaient une précision de 42 %.

Avec cette lecture de données, Cofactor est "en bonne voie avec le cancer de la tête et du cou" et vise à commercialiser OncoPrism dans ce contexte en tant que test développé en laboratoire dans "un avenir très proche", selon Glasscock. Il a ajouté que l'entreprise travaille déjà avec des médecins à travers le pays pour se préparer à la sortie commerciale dans le cancer de la tête et du cou plus tard cette année et regarde l'espace du cancer du poumon peu de temps après.

"Nous arrivons à la ligne d'arrivée, mais je suis également extrêmement enthousiasmé par les neuf prochaines indications de cancer et la façon dont les données de Culmination vont vraiment accélérer les délais pour celles-ci", a-t-il déclaré, soulignant que Cofactor apprécie particulièrement la profondeur et la qualité des données. points que les partenaires peuvent interroger dans le référentiel de Culmination Bio lorsqu'ils tentent d'identifier les populations d'intérêt.

Le spin-out d'Intermountain Health - qui a été constitué en tant qu'entreprise en juin 2022 et lancé publiquement en mars 2023 - présente sa plate-forme Culmination Intelligence en tant que moteur de recherche pour la création de cohortes de médecine de précision. Selon les informations sur son site Web, les partenaires peuvent interroger son référentiel de données en utilisant des facteurs tels que l'âge, le sexe, la race, le type de cancer, le statut des biomarqueurs et les codes ICD, et se concentrer sur la cohorte de patients qu'ils cherchent à étudier.

"Culmination Bio a été conçu pour étendre le succès des efforts de médecine de précision d'Intermountain en créant des ensembles de données multimodaux longitudinaux", a déclaré le PDG de Culmination, Lincoln Nadauld, dans un communiqué en mars annonçant le lancement de la société. « Notre partenariat avec Intermountain Health nous a permis de construire une plateforme qui révolutionnera la façon dont nous identifions et mettons en œuvre de nouvelles connaissances cliniques au profit des patients.

Culmination Bio, qui n'a pas annoncé de partenariats autres que celui avec Cofactor, a refusé une interview pour cet article. Ainsi, les détails sur la diversité et la représentation géographique de sa base de données ne sont pas connus. Intermountain Health exploite 33 hôpitaux principalement dans l'Utah, l'Idaho et le Nevada, mais possède également des sites affiliés dans d'autres régions.

"Je sais que [Intermountain] construit cette base de données depuis des décennies, et c'est une riche collection d'échantillons qu'ils utilisent entre leurs quatre murs", a déclaré Glasscock. "Ce lancement commercial de Culmination Bio est un effort pour faire sortir cette riche ressource de leurs quatre murs."